По температурному режиму месяц был неоднородным. Очень теплой была первая декада: средняя температура воздуха была на 3,3 градуса выше нормы, а днем было в основном плюс 20-28 градусов. Во второй декаде температура была на 0,5 градуса выше нормы, а в третьей - на 1,6 градуса ниже нормы. Абсолютный максимум температуры воздуха за месяц был отмечен в Пинске 2 сентября и составил плюс 31,1 градуса. В самые холодные ночи температура воздуха опускалась до отрицательных значений. Абсолютный минимум (5,7 градуса мороза) за месяц отмечен в Брагине 24 сентября. Переход среднесуточной температуры воздуха через отметку в 14 градусов тепла в сторону понижения, означающий начало климатической осени, произошел 14-17 сентября. Климатическое лето в 2019 году в среднем по стране длилось четыре месяца (со второй декады мая).
За сентябрь в среднем по Беларуси выпало 52,4 мм осадков (87% климатической нормы). Осадки выпадали неравномерно. Так, в Витебской области выпало наибольшее количество - 64,5 мм, или 96% климатической нормы. Наименьшее количество отмечено на территории Брестской области - 39,3 мм, или 70% нормы. Максимальное суточное количество осадков отмечено на метеостанции Новогрудок 3 сентября (40 мм).
В сентябре на реках страны преобладал спад уровней воды, в результате чего на Западной Двине у Витебска и Березине у Светлогорска ухудшились условия для работы речного транспорта. Выпадение осадков способствовало замедлению спада уровней воды на реках во второй и третьей декадах месяца и повышению уровней воды в последние дни месяца. Неблагоприятные условия для работы речного транспорта отмечались на Западной Двине у Витебска, Немане у Гродно, Днепре у Могилева, Жлобина, Речицы и Лоева, Березине у Бобруйска и Светлогорска, Соже у Кричева, Славгорода и Гомеля.
К концу месяца водность рек оказалась меньше обычной для этого времени года: Вилии, Березины и Днепра - на 20-30%, Западной Двины, Немана, Западного Буга, Сожа и Припяти - на 40-50%. Среднемесячная температура воды в реках и водоемах составила 12-17 градусов тепла, что близко к норме.